Được cứu thoát khỏi thân thểUni t-01 cuối cùngIka riShinji đãtỉnh dậy nhưng khônghề haybiết chuyện gì đãxảy ra đối với mình và với cả thế giới sauChấnĐộng ThứBa. Mọi thứtrở nên xa lạvới cậu và những người cậu từng thân quen đã đổi khác vàxem cậu nhưtội phạm chiến tranh. Shinji quyết định đi tìm câu giải đáp cho những gì đang diễn ra và bảo đảmrằngAyanamiRe i cũng đã được cứu khỏiUni t-01. Tuy nhiên tất c ả lại tiếp tục trở nên khó hiểu hơn nữa khiShinji bị cấm láiEva vànơi cậu đang ởkhông còn làTrụsởNERV.