Innocence Bóng đêm bao trùm thế giới tương lai, nơi mà ranh giới giữa con người và máy móc ngày càng mong manh. Thiếu tá Moto Ko Kusana, linh hồn của Tổ chức An ninh Công cộng, đột nhiên mất tích. Và trong bối cảnh đó, Ba-tou, cộng sự trung thành của cô, được giao trọng trách điều tra một loạt vụ án mạng kinh hoàng.
Những cái chết bí ẩn, dường như được dàn dựng bởi một kẻ thù vô hình. Manh mối duy nhất dẫn đến hung thủ là sự xuất hiện của những gynoid - những rô-bốt tình dục với vẻ ngoài hoàn mỹ. Nhưng không chỉ là những cỗ máy vô tri, chúng dường như đã bị "lỗi" hoặc bị thao túng, biến thành những cỗ máy giết người máu lạnh.
Ba-tou phải lần theo dấu vết của sự thật, đối mặt với những góc khuất trong thế giới công nghệ cao, nơi mà sự sống và cái chết chỉ cách nhau một đường dây điện. Anh phải khám phá ra âm mưu đen tối đằng sau những vụ giết người này, và quan trọng hơn, tìm kiếm sự thật về sự mất tích của người đồng đội, Thiếu tá Kusana. Liệu Ba-tou có thể vén màn bí mật, hay anh sẽ trở thành một nạn nhân tiếp theo của những cỗ máy chết chóc?