Câu chuyện diễn ra ở quận Nagasaki, thuộc thành phố Minami-Shima-Bara, nơi bắt nguồn truyền thuyết về Cuộc nổi dậy Shimabara, một sự kiện từng gây chấn động khắp Nhật Bản vào đầu thời kỳ Edo. Nơi đây cũng là nơi Shi-rou, một học sinh trung học năm thứ ba, dành những ngày tháng của mình bên cạnh những người bạn cùng trường.