Quêhương của Gene se c t không còn nữa. Sau ba trăm triệu năm những ngọn núi tuyết nơiPo kémon Pa leozoi từng sinh sống không còn có thể sinh sống được nữa-nhưng không phải tất cả các chủng tộc đều thực sựtuyệt chủng. Một số mẫu vật vẫn còn sống và tuyệt vọng để tìm một nơimới đểgọi là nhà. Được dẫn dắt bởimột Shin yGene se c t và đi cùng vớiPo kémo n huyền thoại Mewtwo những sinh vật lang thang đếnThành phốNewTork.
Nhận thấy đường chân trời của thành phố giống với môi trường sống ban đầu của chúng Gene se c t tiếpquản trung tâm thành phố đánh đuổi cácPo kémon khác và đe dọa sựtồn tại của người dân địaphương. Trênhết thủlĩnhGene se c t đối đầu với Mewtwo trong một cuộc đấu tay đôi xảo quyệt nhịp độnhanh có thểpháhủy toàn bột hành phố—vàSa to shi và những người bạn đồnghành của anhấyphải cứu thành phốvà hòa giải cácPo kémon thù đị ch.