Năm 2199 sau Công nguyên. Tàu Yamato đã cố gắng bỏ lại thiên hà Đám mây Magellan Lớn sau khi nhận được Hệ thống đảo ngược vũ trụ tại điểm đến Iscan dar. Tuy nhiên, đột nhiên họ chạm trán với một nhóm bí ẩn ở rìa Đám mây Magellan Lớn. Phi hành đoàn phát hiện ra rằng nhóm này được gọi là Gatlantis và thủ lĩnh của nhóm là chỉ huy lực lượng viễn chinh Gutaba, tự gọi mình là Goran Dagamuof Thunder. Chỉ huy yêu cầu giao nộp Yamato cho mình. Yamato muốn nhanh chóng đến Trái Đất đã trốn thoát khỏi cuộc chiến. Tuy nhiên, Yamato bị tấn công bởi một vũ khí chùm tia tàn phá có tên là Pháo tấn công trực tiếp ngọn lửa, có thể vượt qua không gian. Yamato đã có thể rút lui nhưng cuối cùng lại bị lạc và thấy mình đang ở trong một chiều không gian bất thường có màu sắc kỳ lạ. Phi hành đoàn quyết định tắt động cơ trên tàu và khám phá một hành tinh bí ẩn. Để thu thập thông tin, Kodai, Kiryu, Sawamura, Niimi và Aihara đã hạ cánh xuống hành tinh này. Những gì họ nhìn thấy khi đến nơi là một con tàu không được cho là ở đó. Dagamu đuổi theo dấu vết đường cong của Yamato và cũng đến được không gian có màu sắc kỳ lạ. Hành tinh mà Yamato hạ cánh thực chất là thứ mà Dagamu đã tìm kiếm bấy lâu nay.